还是军队的问题，此次索额图的谋反让康熙至今还心有余悸。“枪杆子里出政权”这是千古至理。康熙虽然没有明着说出过类似的话，但是这道理是一直扎根在他心中的。
虽然这次跟着叛乱的军队除了几个领头之人外，绝大多数的兵士都是不知道他们所要执行的任务具体是什么，对付的人是哪个，他们只管听上峰的命令行事，并没有资格过问其中的原因。可也正因为如此，才暴露出军队中的一些弊端。
在康熙看来，几个军队的首领撺掇在一起就敢公然谋反，这要是全国带兵的武将都联合起来，他岂不是要让出皇位了。这种可怕的后果只要想想就令康熙不寒而栗。
当然，这种情况只是假设，只要利益，派系，立场，政见等等这些因素不能达成统一，朝臣们就永远都不可能取得一致，而这种假设也就不可能成为现实。但危险要掐灭在萌芽当中，这是康熙维护皇权的宗旨，既然问题暴露出来了，康熙绝不会放任自流。
于是康熙借着处理此次叛乱的余温，先是下旨，在全国范围内实施减兵增饷，汰弱留强，严杜顶替之弊的政策，并对剩下来的所有士兵重新登记造册。那些调皮捣蛋，不服管教的**自然也就夹杂在其中被剔除了出去。而精简下来的老弱，朝廷会根据他们这些年的军功和籍贯发放一定量的银两和土地，放他们回家务农。
此旨意一下，军队立刻沸腾了。在古代军人的地位是很低的，虽然清朝比明朝有所提高，但那是针对于八旗，尤其是满八旗来讲，至于由汉军组成的绿营变化并不太大。能够得到些钱财、土地回家务农，那些在军队中郁郁不得志的普通兵士当然是极为愿意的。而留下来的人饷银也得到了提高，真可谓是皆大欢喜。只是苦坏了一群吃空响的军官，这一下子他们的收入将急剧减少。
可是康熙出手的太是时机了，借口找的也好，谁也不想和谋反挂上边不是，他们也只能打掉牙往肚子里咽了。
之后，康熙又来了一个更大的动作，他带领吏部和兵部的人，亲自参与并制定了一系列的政策和规章制度。
首先在军种的分类上，康熙开创历史之先河，把现有的军队分为陆军，海军和火器军三大类。三军可以协作，但互不统属。尤为重要的一点是，他把火枪营和炮营单独分离出来，成立了一个新的军种——火器军。而没有按照常规那样把它划分到陆军的范围内。并且火器军归他本人直接领导。这里就可以看出，康熙对待火器的态度，是既要重用，又要防范，更要牢牢的掌控在他自己手中。
康熙亲自领导，就等于是御用部队，待遇和地位自然和其他军队不能同日而语。原来没多少人愿意进的火器军一下子成了香饽饽，这可喜坏了新成立的火器军的士兵们，也羡慕坏了其他兵种的军队。现在无论是士兵，还是将领都一改往日的态度，削尖了脑袋想要挤进火器军。可现在火器军可不是那么好进的了，谁想进都得经过严格的考试和选拔，不合格的就是门路再硬也别想进去。谁让这是皇帝亲领的，人家牛着呢！
当然以这三大类为基础，康熙又再次进行了细分和简化，取消了一些不必要或已经不适用目前战争形势的兵种，又增加了例如工兵等实用的兵种。
另外康熙又进一步明确了海军的主要任务——独立或协同陆军、防御敌人从海上的入侵，保卫领海主权，维护海洋权益，保护过往商船的安全和利益。中国被西方社会称为“陆上民族”而中国也确实是自古以来就不重视海上的利益。而此次，“领海主权”这一概念首次以文字的形式记录在了大清的法典当中，更难能可贵的是，不管出于什么样的初衷，康熙破天荒的提出了对商人的保护政策。这是让所有人对极为吃惊和不解的。
而大清皇家海军也被康熙按照地域拆分为：北海、东海、南海三个舰队。
其次，康熙明确了军队的职能和职权范围。
从大清国建立至今，除了细微处有一些不大的变动之外，朝廷一直是沿用着明朝的制度和法规。例如《大清律例》，只不过是换了个名字，其实内容还是原来的《大明律例》，甚至一个字都没有更改过。其他方面亦如是，就连满人独有的八旗制度在很多地方也是参照了明朝的军制。如今这种情况在康熙这里得到了改变。为了更好的平衡和控制军队，康熙把兵部细划成了三个大的职权部门——总参谋部、总训练部、总后勤部。主要职能是担负防卫作战任务，必要时可以依照大清律例的规定协助维护社会秩序。
这样的制度已经很接近于现代军队制度了。
总训练部主要负责训练军队，不断提高军队的战斗力，保证作战、以及其他各项任务的完成。
总参谋部，其主要任务是贯彻执行最高统帅和兵部命令、指示，搜集和提供情报，拟定和组织实施战略战役计划，指挥并协调各军种、各军队的作战行动。
总后勤部负责领导与管理军队的各项后勤专业事物，组织与实施军队的后勤保障。军需、军医、军械、运输，军队财务、营房建设等都是其管辖范围。
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