但是怎么合理的利用宗教，达到引导信仰的问题呢？
朱允炆连续召见方孝孺、解缙以及当时的几个大儒，询问关于宗教的问题，为此，不顾自己以前所限制佛教发展的旨意，特地还召见了几个僧人，以及道士作为参考之用。
经过各种资料的汇集，才知道佛教为大明最主要的宗教，其地位显著，流行普遍，都在道教及其他宗教以上。
这样以来，大明在朱允炆不提倡宗教的政策下，对于佛教的限制在于其社会影响力，包括僧人的数量控制、寺院的数量、寺院经济对大明财政的影响等等，其次才是僧人对大明官员的影响。
在打压佛教的同时，但却没有扶植其他宗教，也不能不说这是朱允炆的一个败笔，这导致了民间对于***教的容纳，导致了民间对其的同情，甚至是接受。
这是作为一个皇帝所不能容忍的，本来对于宗教不感兴趣的朱允炆，也不能容忍，他现在清楚的看到，要想彻底的禁绝宗教是不可能的，那么只有建立起一个本土的，由国家扶植的宗教势在必行了。
洪武元年朱元璋立玄教院，洪武十五年改置道录司，掌天下道教。道录司设左右正一、演法、至灵、玄义等官各二人，其中正一官品最高，为正六品，显示出对正一道的器重。地方上则设道纪司、道正司、道会司管理道教。这些机构的官员都由道行高洁、精通经戒的道士担任，负责检束道士行为，核实道观和道士名数，道士申请度牒等事务。
而佛教亦然，成立了僧录司，管理佛教事宜。两司都属于礼部管辖。
朱允炆作为皇帝，当然熟悉朝廷这些编制，为此他召见道录司中各级官员问事，并要求其作出佛、道总结。找出两者的分别。得出：
佛教的普世性超过道教，一切众生，都可以简单的方式从中求取寄托，适合所有信众，尤其是各种意义上的弱势人群，妇女、老人、残疾者等等，都无须特别的资财、时间就可以从中得到安慰。
而道教的“拯救”途径，则很大程度上依靠专门的修炼，其实需要一定的时间和物质条件，也更近于“术”，这就使它适合的范围小于佛教。
朱允炆考虑良久，方孝孺请求觐见，那是因为最近皇帝勤于问询佛、道中事，他有些担心，大明以儒教为立国常经，兼用佛教、道教“阴翊王度”。方孝孺害怕皇帝由***教引起谣言，作出本末倒置的事情。
在他们的眼里，一个勤政的仁君，问询宗教之事不是一个好苗头。他要劝谏皇帝的这一行为。
方孝孺认为，对于宗教应该取容纳、利用、控制方针，但始终不能使宗教左右国家政务。而对于***教的偶然现象，他认为***教在民间相对封闭，大体上表现为一个民族政策问题而不是一个宗教问题，基本与国家以及其他社会成分相安无事。
之前皇上打压佛教，方孝孺虽然有佛门中的朋友，但是却未多言，那是因为佛教虽然深深溶入了大明的生活中，但其与儒家思想的冲突始终没有平息，两者的思想还是有矛盾的产生。
儒家讲的是入世，宣扬治平之道，即所谓正心，诚意、齐家、治国、平天下之道，重视的是现实社会的治理，而不去追求佛教那样虚无飘渺的彼岸世界，以此儒家与佛教在根本理论上就发生了冲突。
佛教宣扬人生一切皆苦、现实世界一切皆空的苦空二谛学说，主张勘破红尘，超脱尘世，出家修行，落发为僧，这就与儒家所宣扬的伦理纲常、忠孝之道，直接发生了矛盾。因此佛教一传入中原，就受到了儒家的抵制与排斥，佛教的发展进程，始终伴随着与儒家之间的斗争。
所以方孝孺虽然有佛教的朋友，但绝对不至于站出来为其摇旗呐喊。甚至还会为皇上的圣明感到高兴。但是这次不同，方孝孺绝对不希望皇帝再陷入到宗教的漩涡之中。
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