2号文首次将这场怪病定名为“非典型肺炎”，并初步确定了其流行病学特点、临床表现、治疗原则、预防措施和有关建议，因而成为非典型肺炎的“防治宝典”。
春节前后，广州的发病人数越来越多，不少医院因不大了解“非典”的传染性而遭到重创。这时，钟南山主动请缨，要求将最严重的病人送到呼研所。
作出这个决定需要很大的勇气。第一，当时病因不明，谁都没把握治好病人，治不好就等于砸了自己的牌子；第二，当时已经明确该病具有极强的传染性，病情越重，传染性越强。
钟南山没有考虑这些。他对全所同志说，考验我们的时候到了，我们本来就是研究呼吸疾病的，最艰巨的救治任务舍我其谁？
从此，一个个危重“非典”病人纷纷从其他医院转送过来。这些病人或合并感染，或多器官衰竭，治疗工作相当繁重，一个病例资料就相当于一个普通病区全部病人资料的总和。
钟南山只有一个信念：只要有1%的希望，就要尽100%的努力抢救每一个病人。他成立了由老中青三代呼吸病专家组成的攻关小组，夜以继日地查阅文献，严密观察病人的变化，细致记录各种可供研究的资料，终于找到了突破口：当肺部阴影不断增多，血氧监测有下降时，及时采用无创通气，病人的氧气吸入量就会增多，能较好地改善病人症状；当病人出现高热和肺部炎症加剧时，适当给予皮质激素，阻止肺部纤维化；而当病人继发细菌感染时，必须有针对性地使用抗生素。这些治疗措施后来被多家医院所采用，成为通用的救治方案。
钟南山始终奋战在救治病人第一线。有一个家庭，5口人有4人感染。其中大儿子情绪非常不稳，经常从隔离病区冲出来，说要见他太太，他舍不得他太太。钟南山就亲自去做思想工作，平定了他的情绪。
在钟南山的鼓舞和带动下，呼研所的医务人员像尖兵连的战士在一线冲锋陷阵。患者周某曾使很多医务人员感染，被转到呼研所后，医务人员是明明知道有危险，仍毫不畏惧地救治。可以说，在发病高峰期，救治一个重症患者，就像战士炸碉堡，救一个，就有一个医务人员被感染倒下。
在“前仆后继”的战斗中，呼研所一共有26位医务人员被感染。尽管如此，没有一个人逃避，没有一个人后悔。一些感染后治愈的医务人员重新披挂上阵，还笑言自己有了抗体，“百毒不侵”。
钟南山给全所人员慈父般的关爱。何医生是所里第一位感染“非典”的医生，她回忆起1月底感染住院的经历就十分感动，她说：“我住院的第二天，钟所长就打电话来询问情况。两天后，我的病情加重。钟所长当时在出差，连夜给我制订了治疗方案。对于每一位患病的医生，他都要一一听诊、看望。”有一位医生感染后，不能接听电话，在外地出差的钟南山就在晚上9时发手机短信，询问病情。
正是在钟南山的人格魅力感染下，呼研所的医务人员，勇敢地冲锋陷阵。
春节期间，广州的“非典”疫情一天天严重起来，新增发病患者越来越多。2月3日，大年初三，省卫生厅成立广东省非典型肺炎医疗救治专家指导小组。钟南山任组长。从此，他“名正言顺”地当起了“飞行”指导，哪里有需要，就往哪里奔。为了联络方便，平时很少使用手机的他24小时都开着手机。广州市大小医院，凡是收治了非典型肺炎病人的，只要有请求，他都随叫随到，悉心指导。有时甚至连广医一院的同事们都不知道他的行踪，因为他实在太忙，常常一个求救电话打来，只要手边暂时没有其他大事，就立刻出发，身边人都来不及通知。
2月11日，就在社会上各种谣传最盛的时候，省卫生厅举行记者见面会，钟南山以院士的身份郑重告诉大家，“非典”并不可怕，完全可防可治，大家应该配合政府和卫生部门，共同抗击疾病的挑衅。社会情绪开始安定了。人们也许不知道，记者见面会结束后，钟南山又拖着一身的疲惫，赶往一家医院参加会诊。
钟南山不仅几乎跑遍省里出现病例的每一个地方，还飞到北京、香港等地讲课指导。呼研所的专家，很多都是他的学生，也到全国各地“飞行指导”，北京、上海、山西、四川等地都印下了他们忙碌的足迹。有人开玩笑说：“要想请钟院士看病非常容易，得非典型肺炎就行了。”
钟南山的整个春节，都是在会诊和指导救治的忙碌中度过。他两年多没见的孙子从新西兰回来了，他也没时间亲近。甚至连除夕和元宵节都坚守在治疗一线。
毕竟钟南山已是66岁的老人了。呼研所的其他专家担心他的健康，主动提出替他去会诊，回来再向他汇报情况。但他并不领情，只要听说哪里有病人需要他，他马上就赶过去。
钟南山是想搞清楚规律。虽然当时已经知道近距离接触，可能感染“非典”，但他还是凑近患者，仔细检查。摸清规律，对拿出行之有效的救治方案很有帮助。比如，通过大量的观察和验证，钟南山提出对病人要早期使用皮质激素，这与传统治疗肺炎的方法相反。因为如果这时不用，患者肺部就会纤维化。再如，在给病人无创通气时，他提出通气也不能按常规，要小容量通气。因为此时患者肺已经硬了，按常规通气，通气量多，肺容易破。事后证明，这些措施都非常有效。
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