一名全程参与广东省各地非典型肺炎病例救治工作的专家解释，衣原体是一种对抗菌素非常敏感的病原体，治疗首选红霉素，此外还可使用罗红霉素、罗力得、阿奇霉素、甲红霉素等，一般用药几天就会出现明显效果。但广州有医生曾对一批非典型肺炎病人试验性按“衣原体肺炎”治疗，选用上述抗菌素，结果病情不但没减轻，还出现了呼吸衰竭等恶化的迹象。
而官方公布的这个“衣原体说”很多医学专家都不认同，其中就包括钟南山，他认为这次非典型肺炎的传播、发病特征和临床治疗经验都不支持“衣原体”感染的结果。在接受记者采访时他表示震惊：“怎么可能是衣原体？我们用了那么多抗衣原体的抗生素怎么会一点效果都没有？”在两例死亡病例的肺组织找到衣原体，只能证实这两个病人携带了衣原体，并不能证实衣原体是致病原因，更不能代表广东全部305个病例(当时公布的最新病例数是305例)。甚至还尖锐指出，中国疾病控制中心没有征询广东临床专家意见就急于宣布结论，是非常草率的科研态度。
卫生部和广东的病原体之争就此开始，2月19日中午，中央电视台播出的国家疾病控制中心主任李立明的访谈，他推荐了几种对衣原体有效的抗生素，并强调对这种衣原体肺炎的治疗要全程、足量使用抗生素。但事后很多人都知道，他推荐的几种抗生素对非典完全没有丝毫疗效。
2月26日，国家疾病控制中心首席专家洪涛院士再次向广东报告，在送检的10份标本中检出衣原体阳性，其中1份呈强阳性，特效药是利福平。这个结论在广东医疗界又引起一次轩然大波。当时已经收治了大量非典型肺炎病人的广州市胸科医院原本就是收治结核病人的专科医院，利福平是抗结核病的特效药，有结核病人就是在用利福平治疗期间被感染了非典型肺炎的……
人命关天。以工程院院士钟南山为首的广东专家再次坚持原来的治疗原则，没有采用利福平治疗。
3月1日，广东的临床和流行病学专家经过讨论，一致认为本次非典型肺炎是病毒感染的可能性大。衣原体不是肇事的司机，它只是车上的一个乘客。
3月4日晚上，钟南山在广州医学院接受记者采访时，再次表达“属病毒感染引起的肺炎”的看法。钟南山不是广东医疗界惟一表达持“病毒”观的专家，基本上当时所有的临床专家都根据经验判断是病毒性肺炎，但钟南山以工程院院士之尊敢于站出来反对国家疾病控制中心的权威说法，给广东医疗界打了一支强心针。大家决定，维持原来治疗方案，因为这种方案当时已经成功治愈了613名病人，累计报告的925例病例中，只有32例死亡，死亡率甚至低于其他肺炎，证明广东的治疗方案是有效的。
3月25日，美国疾病控制中心和香港大学微生物系宣布，非典病原体是来自猪的“冠状病毒”。不久，世界卫生组织的多个实验室也陆续找到冠状病毒。
3月28日，世界卫生组织正式将这次非典型肺炎命名为“冠状病毒严重呼吸系统综合症”，英文简称SARS，世卫组织并指出SARS已在全球蔓延。
4月10日下午，在北京市外事办公室举行的有关非典型肺炎的防治知识介绍会上，中国疾病预防控制中心病毒形态学研究室主任洪涛院士说，一个来自流行病源、传染、病毒、免疫等学科的25名专家组成的防治“非典型肺炎”攻关小组，已于8日成立，目前两种主要致病病毒已初步找到，衣原体培养已获成功，现正处于动物试验阶段。但目前哪种病毒为主要致病病因尚不清楚，洪涛倾向于两种病毒联合发生作用。国家疾病控制中心终于也找到了冠状病毒。但洪涛院士仍然对自己最早报告的“衣原体说”情有独钟。
4月11日下午，广州市呼吸疾病研究所也举行新闻发布会宣布找到冠状病毒。而事实上，广州市呼研所分离到冠状病毒的报告一周前已经层层上交，但国家疾病控制中心对此做了抢先发布。
4月12日，广东媒体在重要位置都刊登了这则消息，这是广东首次公布“冠状病毒”的结果。
4月16日，世界卫生组织在日内瓦宣布，经过全球科研人员的通力合作，正式确认冠状病毒的一个变种是引起非典型肺炎的病原体。因为把病人身上分离出来的冠状病毒接种到猩猩身上，猩猩发生了和人一样的非典型肺炎。建立了动物模型是证实病原体的“金标准”，就像癌症确诊的金标准和病理切片的报告结果一样。世界卫生组织估计，全球已经为此损失了300亿美元。这是全球发生“非典”疫情以来取得的最有价值的阶段性成果。病原体之争终于盖棺定论。
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